Rumah Puteri Bongsu (turut dikenali dengan nama penghuni terakhirnya dengan panggilan IstanaTengku Fatimah Zaharah oleh pihak Muzium Negara Malaysia) pada asalnya adalah peninggalan kerabat DiRaja Kelantan, iaitu Tengku Hamidah, puteri bongsu kepada SultanMansur yang memerintah Kelantan pada tahun 1886-1889. Menurut maklumat persejarahan, Tengku Hamidah yang lebih dikenali sebagai Puteri Bongsu telah diwariskan Rumah Dapur dari kompleks Istana Sultan Mansur setelah beliau berkahwin dengan Tengku Chik. Mereka dikatakan telah membina Rumah Ibu dan berkemungkinan telah membeli modul Rumah Balai dan Rumah Tengah berdasarkan kaedah dan butiran binaan kedua-dua modul tersebut yang agak berbeza dengan Rumah Ibu.

Setelah Tengku Hamidah meninggal dunia, rumah tersebut diwariskan pula kepada putera sulungnya Tengku Zainal Abidin bin Tengku Chik yang bergelar Tengku Sri Wangsa. Beliau bernikah dengan tiga orang isteri iaitu Wan Mariam, Nik Sarimah dan Tengku Aminah. Tengku Zainal Abidin telah membina tiga modul rumah berasingan untuk ketiga orang isterinya yang terletak di bahagian matahari jatuh. Semasa di zamannya, kompleks rumah tersebut dikenali sebagai rumah Tengku Sri Wangsa. Waris kedua rumah yang terletak di Jalan Mahmood, Kota Bharu, Kelantan ini ialah Tengku Fatimah Zaharah binti Tengku Chik. Tengku Fatimah Zahrah telah berkahwin dengan Tengku Sri Anuar tetapi bercerai selepas setengah tahun berkahwin. Perkahwinan keduanya adalah dengan Syed Abdul Rahman. Mereka dikurniakan seorang anak tetapi telah meninggal dunia sewaktu kecil. Dengan itu, Tengku Fatimah Zahrah telah mengambil seorang anak angkat iaitu Saleha binti Abdullah. Beliau telah membina sebuah modul rumah untuk Saleha yang terletak bersebelahan dengan Rumah Dapur tetapi berhampiran dengan Rumah Ibu. Setelah Tengku Fatimah Zahrah meninggal dunia rumah tersebut telah ditakbirkan oleh Tengku Muhamad Sihabudin bin Tengku Zainal Abidin yang beribukan Wan Mariam.

Tekanan modenisasi dan perubahan masa menjadikan rumah tersebut tidak mampu bertahan lama dan tiada pewaris yang berminat untuk menjaganya menyebabkan rumah ini dijual kepada Jabatan Muzium dan Antikuiti (kini Jabatan Muzium Malaysia, JMM) pada 1 Jun 2000. Sejak itu, JMM telah memulakan usaha pemuliharaan dan penaskahan terhadapnya Pada November 2001, rumah tersebut telah dipindah dan dipasangsemula sebagai komponen di Muzium Etnologi Dunia Melayu (kini dikenali sebagai Taman Pantun UKM). Walau bagaimanapun, pembatalan projek Muzium Etnologi Dunia Melayu menyebabkan rumah tersebut dibuka dan unsur binaannyadisimpan di Muzium Lukut, Port Dickson, Negeri Sembilan.

Pada tahun 2006, Jabatan Warisan Negara (JWN) telah mengambilalih kerja-kerja pemuliharaan daripada JMM dan menjalankan proses pemindahan semula rumah tersebut ke tapaknya terdahulu di Taman Pantun UKM. Kerja-kerja pemindahan dan pemasangan semula siap sepenuhnya pada 5 Disember 2006. Walau bagaimanapun, menurut waris kerabat Tengku Bongsu yang pernah tinggal di istana tersebut, bangunan yang dipasang di Taman Pantun merupakan hanya 50% dari bangunan istana asal. Selebihnya kemungkinan terlalu usang dan tidak dapat diselamatkan akibat proses penguraian (pereputan). Sebahagian unsur bangunan yang dipasang di Taman Pantun merupakan gantian baharu terhadap binaan rumah tersebut.