Fakulti Pengajian Islam telah ditubuhkan pada 18 Mei 1970 bersama-sama dengan penubuhan  Universiti Kebangsaan Malaysia. Fakulti ini adalah salah sebuah fakulti yang mula-mula ditubuhkan di Universiti Kebangsaan Malaysia di samping dua fakulti lain pada masa itu iaitu Fakulti Sastera dan Fakulti Sains. Namun teras bagi fakulti ini telah wujud iaitu bermula dengan penubuhan Kolej Islam Malaya di Klang pada tahun 1955. Penubuhan fakulti ini merupakan kesinambungan visi dan perjuangan segolongan cendekiawan Melayu yang mahu melihat sebuah institusi pengajian tinggi Islam di Malaysia terbina.

Pada tahun 1968, Kementerian Pelajaran telah bersetuju untuk menaikkan taraf Kolej Islam Malaya ke taraf Universiti Kolej. Pada masa yang sama, tuntutan menubuhkan sebuah universiti yang menggunakan bahasa Melayu oleh pejuang-pejuang kebangsaan mencapai kemuncak. Pada tahun 1970, perjuangan tersebut menjadi kenyataan apabila kerajaan mengisytiharkan penubuhan Universiti Kebangsaan Malaysia dengan Fakulti Pengajian Islam sebagai salah sebuah fakulti di dalamnya.

Pada awal penubuhan, fakulti ini hanya mempunyai dua jabatan sahaja iaitu Jabatan Syariah dan Jabatan Usuluddin di samping satu Unit Bahasa Arab. Pada 15 Mei 1974, Jabatan Pengajian Arab dan Tamadun Islam telah ditubuhkan. Sehingga kini, Fakulti Pengajian Islam telah mempunyai lima jabatan dan satu Unit Bahasa Arab. Jabatan-jabatan tersebut ialah Jabatan Syariah, Jabatan Usuluddin dan Falsafah, Jabatan Pengajian Arab dan Tamadun Islam, Jabatan Pengajian Dakwah dan Kepimpinan serta Jabatan Pengajian al-Quran dan al-Sunnah.

Sesi 1970/71, seramai enam orang tenaga pengajar telah berkhidmat di fakulti. Mereka terdiri daripada seorang profesor, seorang pensyarah dan empat orang penolong pensyarah lulusan universiti di Timur Tengah. Mahasiswa yang diterima masuk bagi tahun pertama ialah seramai 37 orang yang terdiri daripada 24 orang pelajar lelaki dan 13 orang pelajar perempuan. Mereka semua adalah lulusan daripada Kolej Islam, Petaling Jaya.