CODA – Proteomik | Institut Biologi Sistem

CODA – Proteomik

Proteomik merupakan satu kaedah untuk mengenalpasti dan menghitung sebilangan besar protein yang terkandung di dalam sesuatu organisma hidup. Protein memainkan peranan penting sebagai pemangkin bagi tindak balas biokimia, menyokong sistem pertahanan dan imuniti serta pelbagai fungsi lain di dalam sel. Justeru, pengenalpastian identiti dan kuantiti protein melalui analisis proteomik adalah penting bagi memahami fungsi fisiologi dan molekular sesuatu hidupan.

Alatan nano-kromatografi cecair – spektrometri jisim berganda (nanoLC-MS/MS) atau penyerapan / pengionan laser dibantu matriks – spektrometri jisim berganda (MALDI-MS/MS) sering digunakan untuk menganalisa protein yang telah diekstrak daripada sampel. Namun begitu, penyelidik sering kekeliruan dan menghadapi masalah dalam menganalisa data proteomik. Hal ini disebabkan terdapatnya perbezaan dari segi format fail data yang diperolehi daripada instrumen spektrometri jisim yang berbeza (sama ada Bruker, Thermo, Sciex, Agilent, dll), serta terdapat pelbagai jenis pakej perisian serta parameter yang perlu ditetapkan bagi menganalisa data proteomik.

Justeru, CODA-Proteomik menyediakan perkhidmatan sehenti analisis data proteomik sebagai suatu inisiatif dalam membantu penyelidik memproses data raya yang kompleks dan rumit, terutamanya daripada analisis spektrometri jisim. Pemprosesan data anda akan melalui aliran kerja yang sistematik dan tersusun bagi membolehkan pengenalpastian protein tunggal serta pemprofilan protein berskala besar (proteomik shotgun). Kami turut menyediakan perkhidmatan perkongsian data ke pangkalan data ProteomeXchange bagi memperolehi nombor induk (accession number) untuk tujuan penerbitan.

CARTA ALIR PROTEOMIK

APA YANG KAMI TAWARKAN?

Gambaran keseluruhan perkhidmatan

Analisis data dan bioinformatik	Pakej-pakej perisian: MaxQuant, Perseus, Blast2Go, KOBAS, KEGG, dan lain-lain bergantung kepada permintaan pelanggan dan reka bentuk eksperimen
Penghantaran data	Penghantaran set data ke dalam pangkalan data ProteomeXchange bagi pemperolehan nombor induk (accession number) untuk tujuan penerbitan

PERINCIAN HARGA

JENIS ANALISIS	CAJ
Pengenalpastian protein tunggal Pemprosesan data mentah daripada pelbagai jenis instrumen spektrometri jisim (Bruker, Thermo Orbitrap, Sciex, Agilent dan sebagainya)	RM 100 per sampel*
Pengenalpastian dan pengkuantitian protein berskala besar / proteomik shotgun Pemprosesan data mentah daripada pelbagai jenis instrumen spektrometri jisim (Bruker, Thermo Orbitrap, Sciex, Agilent dan sebagainya) #	RM 1000 per projek (dalam jumlah 6 sampel**)
Penyediaan dan penghantaran data ke pangkalan data ProteomeXchange Penyimpanan data dan pemperolehan nombor induk (accession number) untuk tujuan penerbitan	RM 25 per sampel*

*Sekiranya satu sampel mempunyai beberapa data derivatif, ia dikira sebagai satu data sahaja
**Sekiranya projek mengandungi kurang atau lebih daripada 6 dataset sampel, sila berbincang dengan PIC CODA-proteomik untuk kemaskini harga.
#Perkhidmatan analisis instrumen LC-MS/MS akan dikenakan bayaran secara berasingan, tertakluk kepada permintaan pelanggan.