Fakulti Perubatan telah ditubuhkan pada 30 Mei 1972 dengan Dekan pertama Dato’ Dr. Amir Abas. Tujuan penubuhan Fakulti ini adalah untuk memberi peluang kepada pelajar-pelajar aliran kebangsaan mengikuti kursus perubatan dan dapat melahirkan ramai doktor-doktor Melayu dan tempatan. Fakulti ini memulakan kursus pra-perubatan di Fakulti Sains UKM Jalan Pantai Baharu, Kuala Lumpur pada Mei 1973 dengan pengambilan seramai 44 orang pelajar (39 lelaki dan 5 perempuan).

Kursus perubatan praklinikal bermula pada bulan Mei 1974 di bangunan sementara Fakulti Perubatan di Jalan Raja Muda Abdul Aziz dalam Kompleks Hospital Kuala Lumpur. Pada 27 Februari 1975, Menteri Kesihatan Tan Sri Lee Siok Yew telah mengisytiharkan Hospital Kuala Lumpur sebagai Hospital Pengajar Fakulti Perubatan UKM bagi latihan tahun klinikal. Pada awal penubuhannya, Fakulti Perubatan telah mendapatkan khidmat tenaga pengajar pinjaman dari Indonesia untuk pengajaran praklinikal dan dari negara-negara Commonwealth untuk pengajaran klinikal sementara menunggu pensyarah-pensyarah pelatih UKM kembali dari latihan perubatan di luar negara.

 

Peperiksaan Ikhtisas Akhir Ijazah Doktor Perubatan yang pertama telah diadakan pada 19 hingga 31 Mac 1979 dan daripada 42 orang pelajar yang mengambil peperiksaan, 37 daripadanya telah lulus dan dikurniakan Ijazah Doktor Perubatan. Ini merupakan detik gemilang bagi Fakulti Perubatan khasnya dan UKM amnya kerana telah berjaya mengeluarkan graduan pertama Ijazah Doktor Perubatan. Fakulti juga telah memulakan program sarjana kepakaran perubatan mulai sesi 1981/82 bermula dengan Sarjana Surgeri (Surgeri Am) dan Sarjana Surgeri (Ortopedik) dan diikuti dengan Sarjana Sains Perubatan dan Doktor Falsafah. Pada awal 1990, Fakulti bercadang menubuhkan hospital pengajarnya sendiri dan pada 2 November 1993 pembinaan Hospital UKM (HUKM) telah dimulakan di tapak seluas 23 hektar di Jalan Tenteram, Bandar Tun Razak, Cheras.

Fakulti juga menawarkan program-program kejururawatan seperti Sarjanamuda Kejururawatan Dengan Kepujian, Diploma Kejururawatan dan Diploma Lanjutan Kebidanan. Fakulti juga telah mengorak langkah dengan menawarkan program Sarjana Kepakaran Lanjutan seperti Sarjana Lanjutan Dermatologi, Sarjana Lanjutan Kardiologi dan Sarjana Lanjutan Psikiatri Kanakkanak dan Remaja. Sehingga kini, Fakulti Perubatan telah melahirkan 4423 orang doctor perubatan dan lebih 2100 orang pakar klinikal.Pada 1 Julai 1997 HUKM telah siap dan memulakan operasinya. Pejabat Dekan dan jabatan-jabatan klinikal telah berpindah ke kompleks HUKM sementara jabatan-jabatan praklinikal masih mendiami kampus Jalan Raja Muda Abdul Aziz dan pelajar-pelajarnya menginap di Kolej Tun Dr. Syed Nasir, Jalan Temerloh, Kuala Lumpur; sementara pembelajaran Tahun III, IV, dan V dilakukan di HUKM dan pelajarnya menginap di Kolej Tun Dr. Ismail. HUKM mempunyai keluasan lantai 200,000 meter persegi, kos pembinaannya bernilai RM 327,822,000.00 dan boleh menampung 1054 katil pesakit.