Fokus penyelidikan KITA dibahagikan kepada apa yang dikenali sebagai ‘kluster penyelidikan’. Setiap satunya diketuai oleh seorang sarjana atau ahli profesional yang mempunyai rekod prestasi cemerlang. Masing-masing bertanggungjawab untuk merancang dan membangun semua kegiatan setiap kluster penyelidikan berkenaan dan mendapatkan dana penyelidikan daripada sumber dalam dan luar UKM. Disebabkan UKM telah diangkat sebagai salah sebuah Universiti Penyelidikan, setiap kluster penyelidikan dituntut untuk mewujudkan sebuah Jaringan Penasihat Antarabangsa masing-masing untu menasihati serta menilai segala kegiatannya bersandarkan penanda aras antarabangsa dari semasa ke semasa. Sehingga tahun 2019, terdapat tujuh kluster penyelidikan di KITA iaitu (1) Teori Sosial dan Kajian Etnik; (2) Etnisiti dan Agama; (3) Etnisiti di Tempat Kerja; (4) Etnisiti dan Konsumerisme; (5) Kesenian dan Integrasi Sosial; (6) Etnisiti dan Makanan; dan (7) Etnisiti dan Migrasi. Pada tahun 2020, struktur kluster ini dirombak menjadi tiga kluster besar: (a) Teori dan Metodologi Kajian Etnik; (2) Kajian Etnik Gunaan, dan (3) Komunikasi dan Kesepaduan Sosial.