Muzium Geologi telah dirasmikan pada tahun 1990. Semenjak penubuhan Jabatan Geologi seiring dengan penubuhan Universiti Kebangsaan Malaysia itu sendiri pada 1970, usaha membangunkan muzium ini mengambil masa disiapkan terutama pengumpulan sampel mineral, batuan dan fosil tempatan. Sehingga kini, jumlah sampel yang terkumpul adalah melebihi 7000 sampel merangkumi Muzium Geologi, Galeri Geologi dan Arkib Batuan.

Perasmian Muzium Geologi telah disempurnakan oleh Naib Canselor UKM iaitu Prof. Tan sri Dato’ Abdul Hamid Hj. Abdul Rahman pada 11 Disember 1990 bersamaan 24 Jamadilakhir 1411. Usaha penubuhan muzium geologi telah dimulakan oleh Dr. Basir Jasin (mantan pensyarah) dan diteruskan oleh beberapa ahli akademik geologi seperti Dr. Kamal Roslan Mohamed dan Prof. Che Aziz Ali.