Jabatan Pendaftar merupakan satu jabatan yang diwujudkan sejak penubuhan UKM yang bertanggungjawab dalam menguruskan sumber manusia, akademik pelajar, kemudahan am dan keselamatan Universiti. Pada tahun 2011, Jabatan Pendaftar telah menstrukturkan semula bahagian dan unit di bawahnya mengikut fungsi dan tanggungjawab untuk meningkatkan kualiti perkhidmatan dan sistem penyampaian. Kini, Jabatan Pendaftar terbahagi kepada empat (4) bahagian iaitu Pejabat Pendaftar, Bahagian Sumber Manusia, Bahagian Pentadbiran dan Kemudahan dan Bahagian Keselamatan. Jabatan Pendaftar telah diketuai oleh sebelas orang Pendaftar sejak penubuhannya pada tahun 1970.
3 Februari 2022 hingga kini
1 Ogos 2019 - 10 Disember 2021
1 Jun 2016 - 31 Mei 2019
11 Jun 2013 - 27 November 2015
1 Januari 2007 - 1 Disember 2012
9 Jun 2004 - 31 Disember 2006
25 Oktober 1996 - 8 Jun 2004
15 Disember 1982 - 24 September 1996
25 Julai 1978 - 1 Disember 1981
1 April 1974 - 23 Julai 1978
27 Januari 1972 - 24 Januari 1974
23 Mei 1970 - 1 Januari 1972