Anatomi tumbuhan merupakan salah satu cabang ilmu sains biologi berkaitan sel dan tisu tumbuhan secara mikroskopik, atau bermaksud kajian struktur seni sel dan tisu tumbuhan dam ia termasuk kajian struktur mikromorfologi (ciri morfologi yang bersifat seni seperti trikom, stomata dan sebagainya). Anatomi tumbuhan merupakan salah satu pendekatan atau kaedah dalam kajian taksonomi dan sistematik tumbuhan, ia juga merupakan pelengkap kepada ilmu morfologi tumbuhan yang hanya dilakukan dengan pemerhatian menggunakan mata kasar atau kanta tangan. Kajian anatomi tumbuhan mesti dilakukan dengan bantuan mikroskop cahaya, mikroskop imbasan elektron dan juga mikroskop transmisi elektron.
